Il provvedimento di recepimento della Direttiva 2008/99/CE sulla tutela penale dell'ambiente che contiene modifiche al SISTRI e l'estensione del D.Lgs. 231/01 ai reati ambientali è entrato in vigore il 16 agosto 2011.

Le nuove violazioni inserite nel D.Lgs. 231/01 riguardano:
• l'induzione a non rendere dichiarazioni o a rendere dichiarazioni mendaci all'autorità giudiziaria;
• distruzione o deterioramento dell'habitat all'interno di un sito protetto;
• violazione disciplina degli scarichi di reflui industriali;
• gestione di rifiuti senza autorizzazione;
• inquinamento del suolo/ sottosuolo o delle acque;
• falsificazione certificati di analisi rifiuti;
• traffico illecito di rifiuti;
• trasporto non conforme al SISTRI;
• violazione disciplina emissioni in atmosfera;
• commercio specie animali protette o pericolose.
La rimodulazione delle sanzioni SISTRI prevede un alleggerimento per i primi 12 mesi e un'inasprimento delle sanzioni per le violazioni fraudolente e per coloro che commettono più violazioni.